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好基因检测解读秘籍:报告一定要写转录本?

什么是转录本?

一个基因想要行使功能,需要先经过转录,变成mRNA飘出细胞核去,和核糖体一起翻译蛋白。转录时,先形成了mRNA的前体Pre-mRNA,经过剪切后才形成了成熟的mRNA。剪切有时候有很多种剪法,不同剪法对应不同的转录本。

对于检测报告中如何体现转录本,让我们看看ACMG指南中怎么说的吧。

当描述编码变异时,应该在报告中使用和提供每个基因的一个参考转录本。该转录本应该是最长的已知转录本或者是最具临床相关性的转录本[1]。

首先,在绝大多数时候,遗传检测报告中都使用了已知最长的那个转录本。这是最保险的做法,不太会出现某个外显子上的变异注释到其它转录本的内含子上,从而被认为对蛋白没有作用。

好基因检测解读秘籍报告一定要写转录本

然而,有些特殊情况需要注意。有的时候最长的那条转录本,可能不是“最具临床相关性”的那个。

好基因检测解读秘籍报告一定要写转录本

假如某个基因的有红、绿、蓝三个外显子,它可能有三种选择性剪切的形式,分别在大脑、心脏和肠道特异性表达。在进行基因检测时,由于是对DNA进行测序,不管样本取哪里都可以测到所有外显子,而不需要考虑哪个组织表达哪些转录本的问题(RNA测序或许会考虑)。如果受检患者的表型是心脏上的毛病,那么在解释变异时,就要怀疑这个变异的致病性了,因为这个变异在心脏中根本不体现功能。

还有一点需要提到,在将一些特殊病例整理成文章的时候,也要注意标明转录本。有很多文章不注意这一点,这会造成别人引用时心里没底:虽然默认是报最长的那个,万一他报了个别的呢?因为“c.123A>T”这样的描述,很可能在某个基因中不是唯一的。

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